根据凋亡蛋白的亚细胞位置主要决定于它的氨基酸序列这一观点,基于局部氨基酸序列的n肽组分和序列的亲疏水性分布信息,采用离散增量结合支持向量机(ID_SVM)算法,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测。结果表明,在Re-substitution检验和Jackknife检验下,ID_SVM算法的总体预测成功率分别达到了94.6%和84.2%;在5-fold检验和10-fold检验下,其总体预测成功率也都达到了83%以上。通过比较ID和ID_SVM两种方法的预测能力发现,结合了支持向量机的离散增量算法能够改进预测成功率,结果表明ID_SVM是预测凋亡蛋白亚细胞位置的一种很有效的方法。

国家自然科学基金项目(30560039); 内蒙古自然科学基金项目(200607010101); 内蒙古自治区优秀学科带头人计划项目~~;

凋亡蛋白; 离散增量; 支持向量机;

Q26

生物物理学报

Acta Biophysica Sinica

2007年03期

ISSN:1000-6737

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217192-198753K
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