基于支持向量机,以全部和局部氨基酸序列的n肽组分、序列的亲疏水性分布等五种特征提取方法构成特征向量表示蛋白质序列,对六类细胞凋亡蛋白的亚细胞位置进行预测.结果表明,基于氨基酸二肽组成成分构成的特征向量集(以符号DIPE表示)的预测结果高于其它四种特征向量集的预测结果,在Jackknife检验下,总预测成功率达到了89.3%;与现有的方法比较,发现对于Mitochondrial类凋亡蛋白,支持向量机方法有更好的预测效果.

国家自然科学基金(30560039); 内蒙古自然科学基金(200607010101); 内蒙古自治区优秀学科带头人计划项目资助;

细胞凋亡蛋白; 支持向量机; 肽组分; 亲疏水性分布;

Q255

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